هر چند فعالیت سیاسی خود را با عضویت در نهضت آزادی ایران آغاز کرد اما با وجود علایق قلبی به پدرش و مهندس مهدی بازرگان، بعد‌ها با نهضت دچار اختلافات ایدئولوژیک به ویژه درباره مسائل اقتصادی شد و استعفا داد؛ آنچنان که برخی او را «حزب‌اللهی لیبرال‌ها» لقب دادند. مرحوم مهندس عزت‌الله س
حابی، رئیس شورای فعالان ملی مذهبی که خردادماه ۱۳۹۰ در سن ۸۱ سالگی چشم از جهان فروبست، در جلد دوم خاطرات خود که اخیرا بخش‌هایی از آن توسط دوماهنامه «اندیشه پویا» منتشر شده، به بیان ریشه‌های این اختلافات پرداخته است. او به سخنرانی‌های مهندس بازرگان در اوایل انقلاب اشاره می‌کند که در آن به مفاهیمی که «منشأ مارکسیستی و لنینیستی» دارند و میان مذهبی‌ها باب شده بود، می‌تازد: «از جمله مفاهیم مورد اشارۀ مهندس بازرگان، واژۀ امپریالیسم بود. مهندس بازرگان معتقد بود این واژه که از سوی لنین به کار برده شده و از سوی مذهبی‌ها تکرار می‌شود، واژۀ صحیحی نیست. ما به جای امپریالیسم باید از کلمه "استیلای خارجی" استفاده کنیم.» سحابی به اختلافش با مهندس بازرگان بر سر شناسایی «دشمن اصلی ایران» اشاره دارد؛ جایی که بازرگان «استبداد» را دشمن بزرگ می‌پنداشت و سحابی «استعمار» را. استعماری که به عقیدۀ او «با ورود نخستین هیات انگلیسی به ایران به سرپرستی سرجان ملکم» سرنوشت ملت ایران را تحت تاثیر قرار داد. هر چند این اختلافات با جلسه‌ای مشت رک که همگی بر «آزادی از قید ۳ اس» (اسبتداد، استثمار و استمعار) تفاهم کردند، به حاشیه رفت اما تفاوت دیدگاه‌ها در سال‌های بعد به مناسبت‌های مختلف رخ نمود.
